在火星上发现的神秘潘多拉魔盒引发了天空之壁的惨剧，巨大的天空之壁将日本分为东都、西都、北都三个部分。而在东都出现了被称为“猛击者”的未知生命体，不断袭击东都的市民。保护市民免受“猛击者”侵扰的就是由天才物理学家桐生战兔所变身而成的假面骑士创骑。战兔和龙我等人在追查猛击者的过程中，将一步步揭开隐藏在身边的惊天阴谋！

「来吧，开始实验吧。」行星探测船从火星带回的神秘之箱“潘多拉魔盒”。从箱中释放出来的能量创造出了巨大的墙壁，日本从此被分成了三部分。10年后，在谜之怪人“猛击者”暗中活动的东都街头，传说存在着为了保护人们而战斗的假面骑士创骑。他的真身是丧失记忆的天才物理学家·桐生战兔。为了解开潘多拉魔盒之谜，为了取回自己的记忆，他的战斗拉开了序幕……

东都、西都、北都的战争结束后，在潘多拉魔塔内建立起了新政府，各都由三位都长管理。然而这三位都长却在就职演讲上扬言要歼灭创骑，一场新的危机降临了，战兔最后的实验开始了！

战兔创造了新世界后，除了战兔和龙我外，所有人都失去了有关假面骑士、天空之壁等的一切记忆。然而某一天，突然从白色的潘多拉金属板中出现了一个未知的外星生命体，他利用龙我恢复了潘多拉魔盒，并企图利用魔盒的力量毁灭全宇宙，而拯救宇宙的重任竟落在了龙我和埃伯尔特的身上！

在桐生战兔创造的新世界中，只有接受过人体实验的人恢复了旧世界的记忆。而某位恢复了记忆的科学家成立了覆灭组织，并突袭了政府官邸，他企图利用骑士系统来统治新世界。另外，覆灭组织利用一股不可思议的力量让冰室幻德、桐生战兔、万丈龙我失去了变身能力，并为了夺得白色金属板，而绑架了美空。现在唯一的希望就在还能变身的一海身上了。一海将燃烧心火、救回美空，最后的狂欢就此开始！

《假面骑士魂骑x剑锋》，是《假面骑士圣刃》与《假面骑士灵骑》的联动作品。本部作品讲述了“水之剑士“——假面骑士剑锋，与背负非凡命运的兄妹相遇后，发生的一系列故事。水之剑士——新堂伦太郎，与编辑——须藤芽依，遇见了“复制人花音”。伦太郎对事情的来龙去脉一无所知，所以当他看到复制人花音的力量后，感到十分惊愕。不久后，伦太郎一行人遇见了真正的花音，虽然他们尝试一起控制住失控的“复制人花音”，但“复制人花音”根本听不进去，众人也感到十分棘手。就在这时，丹顿残党竟然突然出现了，他们也盯上了“复制人花音”，这让伦太郎一行人措手不及。伦太郎变身而成的假面骑士剑锋虽然奋力战斗，试图力挽狂澜，可是圣剑的力量根本对付不了眼魔的科技。花音有生命危险！就在千钧一发之际，深海诚出现了。而他的手中，竟然拿着奇幻驱动书！众人携手作战，最终敌人被打败，花音也见到了自己思念的哥哥。